Fue hijo de Francisco Joseph Eduardo Fernández Tresguerras y de María Guadalupe Martínez de Ibarra. Nació en Celaya Guanajuato, en un principio quería ser fraile y como consecuencia ingreso a la Real y Pontificia Universidad de Celaya, donde desarrolló su habilidad hacia el dibujo y decidió darle tiempo a su vocación de fraile y dedicarle un espacio al dibujo se trasladó a la capital en corto tiempo sus prioridades cambiaron y se regresó a Celaya donde dejó definitivamente su etapa de fraile y en consecuencia se casó con doña María Josefa Ramírez con la que procreó 6 hijos.
Eduardo se dedicó a levantamientos topográficos, arreglos y composturas de casas y los avalúos, al mismo tiempo engullía libros sobre bellas artes, fue un personaje autodidacta. Finalmente fue nombrado maestro mayor de las obras públicas de su ciudad natal.
Fue entonces que comenzó la que sería una fructífera carrera sus obras arquitectónicas corresponden al neoclásico, sin el rigorismo Europeo; construyó en Celaya el Obelisco y fuente conmemorativa del Rey Carlos IV; la Iglesia del Carmen considerada como su obra maestra, la Torre de San Agustín; la cúpula y altares de San Francisco; altares de la tercer orden; el Puente de Cinco Ojos sobre el Rio de la Laja. Construyo en Querétaro la Fuente de Neptuno y en San Luis Potosí el teatro Alarcón.
Todas estas obras aún prevalecen, es autor de pinturas y frescos de excelente calidad, además escribió devocionarios y obras satíricas. A causa de su participación en el movimiento de independencia, es tomado prisionero por los realistas en 1811.
Un boceto biográfico titulado tres zamoranos fue publicado hasta 1951, al igual un cuaderno de notas de carácter crítico que lo título Ocios Literarios, se publicó hasta 1962.
